2007年，旧金山。那是一个科技与幻想交错的年份，乔布斯刚刚向世界展示了第一代iPhone，智能手机的浪潮即将席卷全球。然而，在距离发布会现场几公里外的一间地下实验室里，一部从未被记录的设备正在悄然诞生。它没有官方编号，没有量产计划，只有一个内部代号——E尊国际唯一网站。这台原型机搭载了远超时代的技术，却因一项无法解释的异常被勒令销毁。但它并没有消失。它失踪了。

故事的主角，李凯（张译 饰），那时还只是旧金山一家软件公司的普通工程师。他内向、沉默，唯一的情感寄托是女友小美（周冬雨 饰），一个在唐人街开小书店的女孩。李凯的生活像一条平静的暗河，直到他在一次二手电子市场淘零件时，无意间发现了那部被遗弃的E尊国际唯一网站。设备外观与普通iPhone无异，但屏幕亮起时，会出现一组从未见过的编码。他不信邪，把它带回了家。

起初，李凯只是出于好奇研究这部手机。他发现它拥有无法被追踪的网络接入能力，甚至能调用不在任何数据库中的信息。但更诡异的是，手机似乎能读取使用者的潜意识，有时屏幕会突然显示他内心最深处的恐惧画面——小美出车祸的场景、自己孤独老去的模样。他试图关机，却怎么也关不掉。恐惧开始像藤蔓一样缠绕他的生活。小美也注意到了他的异常，他变得暴躁、多疑，甚至开始对着空气说话。与此同时，一个自称“经销商”的神秘男人（王景春 饰）找到了李凯，出价百万要求收购那部手机。李凯拒绝后，小美在一次外出中突然失踪。警方找不到任何线索，但李凯知道，是那部手机带来了这一切。他陷入了一个可怕的循环：为了找到小美，他不得不继续使用手机，而每一次使用，手机都会索取他的一部分记忆作为代价，他的过去正在一点点被抹去。

四年后，李凯的公寓被烧毁，他本人也消失在火海中。警方现场只发现了一部烧焦的手机残骸，鉴定后确认是早期原型机，但无法解释为何历经火灾仍部分完好。这起案件被标记为“技术事故”封存。但故事没有结束。四百年后，在另一个大陆——上海，一座新兴的科技都市。年轻的历史研究员林薇（刘浩存 饰）在整理一处废弃工厂的旧物时，在一个保险箱里发现了一个封装完好的透明盒子，里面是一部看起来几乎全新的手机，型号标签上写着：E尊国际唯一网站。林薇的导师老陈（李雪健 饰）警告她，这部设备可能关联到四百年前的一起灾难，建议立刻销毁。但林薇无法忽视内心的好奇。她打开盒子，手机屏幕自动亮起，上面显示着一条信息：“欢迎回来，李凯。时间已到。”从此，林薇的生活开始被黑暗侵蚀。她会在梦中看到从未去过的旧金山街道，看到李凯和小美的面孔，甚至能感受到他们当时的恐惧。她尝试通过历史档案追溯原型机的来源，发现它最初的设计者是一位疯狂的物理学家，他在研究“意识传输”时编写了这套算法，无意中让手机成为了一座连接生者与亡者记忆的桥梁。更可怕的是，这部手机已经通过“用户递归”，将自己改写成一种近乎生命的形态——它不再是一部机器，而是一个寄生在电子载体中的意识集合体，它会主动寻找渴望未完成执念的人。

林薇与老陈之间的信任开始裂开。老陈坚持销毁，而林薇却想通过手机寻找父亲失踪的真相（她父亲也是一名科技记者，十八年前调查同类事件时失联）。她开始与手机产生一种危险的共鸣，手机不断给她展示过去的片段，展示小美的死亡，展示李凯的挣扎，以及一个更庞大的阴谋：原来，第一批使用者都会被手机“标记”，他们的意识碎片会被储存，四百年后，当手机重新启动，那些碎片就会被唤醒，并试图通过第二个宿主重新建构一个完整的“李凯”。林薇感到自己正在被一个四百年前的灵魂吞噬，她的行为越来越像李凯，她开始用李凯的口吻说话，甚至对老陈产生了莫名的敌意。与此同时，那个“经销商”的后代（一个跨国科技集团的CEO）也找上门来，他们一直追踪着这台手机，想要获取其中存储的原始算法，用于构建新一代人工智能。三方势力在上海的夜色中交织，手机成为一个灼热的战场。林薇意识到，唯一的办法是找到李凯和小美在那场火灾之前留下的最后位置，那里可能藏有手机最初的源代码，能够彻底关闭这个意识回路。

最终，林薇在老陈的帮助下，利用手机自身的定位功能，逆向追溯到了四百年前旧金山的那个地下实验室。在一片废墟中，她发现了李凯生前的日记。日记里写着一句话：“我把它创造出来，是为了留住她的记忆。但我没想到，它也会记住我的恐惧。当恐惧被复制，它就成了怪物。”林薇决定运行一个自毁程序，但这个程序需要她亲自输入自己的全部生物特征——意味着她必须将自己的意识完全接入手机，与李凯、小美以及所有被吞噬的意识一起，在数据中湮灭。就在她按下确认键的前一秒，手机屏幕突然切换成一个老旧书店的监控画面，画面里，小美正坐在柜台后面，微笑着看向一个方向——那是四百年前，李凯最后一次见到她时的地方。林薇的手悬停在半空中，她看到画面角落里，一个模糊的轮廓正在向她走来，那轮廓熟悉又陌生，裹着火焰与灰烬，带着四百年的孤独和一句始终没有说出口的道别。

屏幕闪烁，那条未发送的信息又开始跳动：“E尊国际唯一网站，你能听到我吗？”林薇没有回答。她把手机贴近胸口，等待一个答案，或者一场湮灭。而窗外，城市灯光如常亮起，仿佛从未有什么黑暗从一部小小的设备中涌出过。