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地球联合政府宣布，第117号殖民星系的中央恒星即将在72小时内爆发超新星，届时整个星系将被摧毁。星球上还滞留着超过四千名平民，而撤离飞船只剩最后一班。混乱中，一艘名为“娱乐电子游戏网”的民用运输船被迫提前升空，船上一百多名乘客并不知道，这趟航行将把他们带向比超新星更可怕的深渊。

船长李维（曾经是联合舰队导航员，因事故被降级）正在驾驶舱试图稳定失控的航线。超新星冲击波让飞船导航系统失灵，船体多处受损。乘客中有一名生物学家林雪，她随身携带的冷藏箱里装着从117号星球采集的未知生物样本——正是这些样本，在冲击波辐射下开始发生剧烈异变。

第一波异变出现在飞船的3号货舱。冷藏箱破裂，样本中的孢子迅速扩散，感染了金属舱壁，使其变成有机生物结构。一名维修工被突然生长的触须缠绕，身体开始同化。林雪赶到现场，发现这种生物能以极快速度吸收宿主DNA并重塑自身。她立即意识到，这不是普通外星生物，而是具有智能进化的“基因猎手”。与此同时，飞船通讯系统收到一段断断续续的求救信号，来自同一星系的一艘科研船，内容只有一句话：“不要靠近任何有机物，它们会模仿你们的样子。”

此时，飞船上已经开始出现变异的乘客。他们保留着人类外形，但行为异常，瞳孔变成琥珀色，皮肤下隐约有血管状脉络蠕动。李维下令封锁3号舱，但已经太迟。一个变异的乘客在餐厅突然袭击了一名儿童，将其拖入通风管道。恐慌迅速蔓延。林雪通过分析生物样本的基因序列发现，这种生物每两小时就能完成一次完整的进化周期，而且能通过空气传播孢子。更糟糕的是，飞船的空气循环系统无法过滤这种孢子，所有人都已在不知不觉中被感染。唯一的希望是找到一种抑制酶，而抑制酶的配方只存在于那艘科研船的数据库中。但科研船现在距离他们0.3光年，且正漂向超新星方向。

为了获取抑制酶，李维决定冒险调转航向。飞船穿过一片小行星带时，遭到变异生物的伏击。这些生物已经学会了操纵飞船内部的管道系统，它们切断电力供应，使飞船陷入黑暗中。在应急灯的微光下，乘客们发现变异者已经能伪装成正常人类的模样，通过模仿语气和动作混入人群。信任彻底崩塌。一名机械师试图修复电力时被伪装成同伴的变异者袭击，当场死亡。林雪意识到，他们必须尽快离开飞船，否则所有人都会被同化。她提出使用救生舱前往科研船，但救生舱只够容纳12人。李维决定留下，让林雪带着样本和关键数据先行，自己则想办法拖延变异者的进化。

林雪和十一名志愿者乘坐救生舱脱离母船。救生舱刚进入太空，他们就看到“娱乐电子游戏网”被一层黑色菌毯包裹，船体正在肉眼可见地崩塌。林雪知道，李维可能已经牺牲。救生舱在科研船侧舷强行着陆。科研船内部死寂一片，只有自动广播循环播放着隔离指令。他们发现实验室里到处都是被肢解的尸体，以及大量关于“基因猎手”的研究笔记。原来科研船最早发现这种生物并试图驯化，但实验失控导致全船覆灭。林雪找到了抑制酶的合成方法，但需要一种稀有同位素——同位素仓库位于船底，已经被变异生物占据。他们必须杀出一条血路。一场激战后，林雪成功合成抑制剂，但救生舱在战斗中被毁，他们被困在了即将被超新星吞噬的科研船上。

正当他们绝望时，科研船深处传来一声巨大的金属撕裂声。一艘小型穿梭机从机库破墙而出，驾驶员竟然是李维——他穿着防护服，身上布满了黑色菌丝，但眼神清醒。原来他在最后关头注射了从变异者体内提取的抗体，短暂保持了理智，并驾驶隐藏的穿梭机逃了出来。但抗体只能维持两个小时。他们必须在抗体失效前，乘坐穿梭机逃离超新星爆炸范围，同时阻止变异生物扩散到更多星球。林雪发现，科研船的主数据库里记录了一个坐标——一个偏远的未被殖民星系，那里有一种自然产生的抑菌环境，可以彻底消灭基因猎手。但需要人工将抑制剂注入该星系的恒星大气层才能触发连锁反应。这意味着他们必须驾驶穿梭机飞入恒星内部——一个近乎自杀的任务。

穿梭机燃料不足，无法同时完成逃离超新星和前往偏僻星系两个任务。李维决定分头行动：他驾驶穿梭机带着抑制剂冲向目标恒星，而林雪和剩余人员乘坐救生舱向超新星相反方向逃离。至于李维能否在抗体失效前完成注入，以及林雪等人能否在救援到来前活下来，一切都还是未知数。而此刻，超新星爆发的光芒已经照亮了整片星域，“娱乐电子游戏网”的残骸化作万千碎片，一个新的冒险才刚刚开始。